Обыкновенный японский работник по поручению крупной корпорации едет в юго-восточную Азию, доставляя очень важный для компании диск. Неожиданно корабль подвергается захвату, а Рокуро Окадзима оказывается в заложниках. Увидев в какую сторону движутся события, компания принимает решения разом избавится от диска и служащего. Ради своего спасения Рокуро объеденятся с пиратами. С этого момента вся его жизнь перевернулась: теперь он рядовой "Черной лагуны"