Отец Сосукэ – моряк, мать – социальный работник, а сам он – маленький мальчик из дома на утесе. Однажды утром он находит в море удивительную рыбешку: у нее человеческое лицо и красные плавнички, она любит колбасу и умеет колдовать. Сосукэ называет свою находку «Поньо» и решает беречь и защищать. Откуда ему знать, что он выловил дочь морской владычицы и тем обрек себя на удивительные приключения в самом ближайшем будущем?